崇明军攻占南京的消息迅速的传播开来，再次引得江南大振。受到鼓舞，无数的百姓聚众而起，向着清军还占领的县城发起了攻击。
在江南一带的绿营兵为数不少，吴淞松江，苏州常州，都有着数千或上万的绿营兵，可是当南京陷落洪承畴被诛的消息传来时，各地的清军都陷入了惶恐之中。
松江
马应魁带领一万多崇明军一直在和吴淞城对峙，满清苏松提督吴胜兆曾多次出城攻击马应魁营地，在崇明军的火枪火炮之下均无功而返。有马应魁牵制吴淞的清军，马良兵出淀山湖，开始了席卷松江府的征程，青浦，华亭，上海各县先后落入了崇明军之手，满清松江知府开城投降标志着崇明军收复了整个松江府。
收复松江之后，马良带领一万大军来到吴淞城下，配合着马应魁把吴胜兆围死在城中。
吴胜兆手下的绿营兵只有五千余人，哪里是两万余崇明军的对手，当南京失陷的消息传来时，吴胜兆果断的下令开城投降。
按照任思齐事先的安排，马应魁带军镇守吴淞口，马良则带领部下攻略嘉定，配合着太湖中的任兴凡攻略苏州府。
苏州
经过了大半年的发展，任兴凡属下的军队已经非常庞大，和吴日生联合之后，掌控的水陆两军达到了三万余人。当然其中绝大部分都是没怎么训练的渔民，可是其中有五千原崇明军为骨干，依然是一支非常强大的力量。
半年来，谨遵崇明岛的指示，任兴凡安心在太湖发展，一边开荒种田一边练兵一边联合太湖周边的士绅，并未有太过出格的举动，苏州府的清军也曾经试图入湖围剿，可是在强大的崇明军水军的攻击下，每次都无功而返。
元旦任思齐千里攻打南京，任兴凡也联合吴日生从太湖出兵，开始了攻略苏州府。
不过苏州的驻军非常强大，其主力是李率泰的三千八旗，以及绿营总兵土国宝的万余绿营兵，可见满清对苏州这个江南重镇是无比的重视。
任兴凡兵力虽在清军之上，可是想轻易攻下苏州也不可能。便和吴日生分兵而出，自己驻军苏州城外威逼苏州，由吴日生带兵攻打吴江等县。
当南京命令各地清军回援的命令传到苏州时，李率泰命令土国宝领着绿营死守苏州，自己则带着三千八旗连夜向南京增援。
李率泰的属下都是骑兵，任兴凡拿他没有办法，便一心一意的开始攻打起苏州了。
没有了八旗兵的坐镇，苏州城内的绿营兵军心涣散，城内的士绅趁机联合，收买了部分绿营兵的军官，打开了苏州的西门，任兴凡带兵一拥而入，整个绿营兵顿时土崩瓦解无心抵抗，纷纷缴械投降。土国宝占据了府学，试图负隅顽抗，被部下斩杀，献首级于任兴凡马前。
占据了苏州之后，任兴凡分兵夺取昆山各县，与马良在嘉定会师，联兵一处开始攻打常州府。
常州的绿营兵大部分都被洪承畴的命令招去，去增援南京去了，明军的攻势如同沸汤融雪，所过之处根本遇到多少抵抗。二月十五日，任兴凡和马良联军打下了常州府，生擒满清知府宗景，未等大军进发，常州各县纷纷杀掉清军委派的官吏，献城而降。苏松常三府彻底光复，重新回到了大明的治下。
李率泰带领三千八旗骑兵沿着运河而上，在丹阳遇到了正在攻打阎应元的马得功等绿营兵。马得功弃镇江而逃之后，又担心会被清廷处罚，便带军在镇江一带流连，观望着形式。其时若是他连夜赶往南京的话，肯定能即使增援洪承畴，可是马得功被崇明军惊天动地的火炮吓破了胆子，根本不敢和明军对阵。
当常州各地的绿营兵纷纷奉命增援南京时，却被驻守在丹阳的阎应元卡在了运河上。马得功便带兵与他们汇合，借机把指挥权抓在自己手中，其手下的兵力达到了一万多人。丹阳位于运河要道，若不打下来，就无法通过运河运送后勤，丢弃丹阳不顾的话，又害怕被阎应元尾随攻击。所以马得功陷入了进退两难之中。
这时南京陷落的消息还未传来，马得功早已被八旗兵的威势吓破了胆，根本不敢生出背叛的心思。为了弥补丢下镇江的过错，他开始带兵对镇江展开了猛烈的攻击。
阎应元手下虽然是一镇新兵，可是经过了数个月的训练，其战斗力要比原来江阴的乡兵好的太多。丹阳又是一座很小的县城，拥有五千的兵力防守这么一座小城自然不在话下。
任凭马得功如何攻击，在阎应元的指挥下丹阳自嵬然不动。
李率泰赶到丹阳之后，对丢了镇江又拿不下丹阳的马得功全无好感，喝骂了一番之后，强行带走了马得功手下的骑兵，渡过运河去往南京去了，留下马得功继续攻打丹阳。
李率泰虽然原先也是汉人，可是其家投降满清太早，早已被满清贵族当作自己人，新投降的马得功地位根本无法与之相比，只能暗叹一声倒霉，带领着手下继续攻打丹阳。
李率泰带领手下一路晓行夜宿，也不携带补给，全凭就地劫掠，速度很快。可是他收到南京求援的消息太晚，等赶到南京城外时，只能看到城墙上飘扬的大明旗帜，以及严阵以待的贾元胤骑兵。
贾元胤手下的骑兵是崇明军唯一一支骑兵，深受任思齐重视，其武器装备不再八旗兵之下，人人一支三眼火铳更是弥补了其远射能力的不足。突袭拿下南京外城更使得这支骑兵士气高涨。
面对奔波了数百里的李率泰骑兵，修正了多日的崇明军骑兵怡然不惧，哪怕对方的数量是自己的两倍。
在贾元胤的带领下，一千五百骑兵向着立脚未定的八旗骑兵展开了冲击。就在南京城下，两支骑兵展开了一场厮杀，贾元胤带兵浴血奋战，到底还是不敌人数战力都在己方之上的八旗兵。任思齐派出了两支步兵出城作战，这才逼退了李率泰手下的八旗兵。
一番交战，手下的八旗兵也死伤惨重，锐减到不足两千人，李率泰万般无奈，只能带兵远离南京，可是附近各府县都已被明军攻陷，或者举义重回明军治下，李率泰带兵想进城休整也不可得。贾元胤带领轻骑如跗骨之蛆的跟在了李率泰的身后，每当李率泰带兵回击时，他就撤退，总是抽冷子给李率泰骑兵来一下。
整个江南好像全是清兵的敌人，不论是白天还是黑夜，总会有小股的明军从山峦间密林里突然出现，给正在休息的八旗骑兵来一下，搞的八旗兵们疲惫不堪。而一次次的袭击使得八旗兵人数锐减，当李率泰带兵回到丹阳时，其部下骑兵竟然只剩下一千五百来人。
虽然丹阳依然没有打下，可是当看到城外清军营地时，一千多八旗兵还是松了一口气。
马得功殷勤的接待了他们，为他们准备了开水，准备了酒肉，以及温暖的营地。疲惫奔波数日的八旗兵们酒足饭饱躺着温暖的床铺上酣然大睡时，却没有注意到阴险的毒蛇正在冷冷的窥视着他们。
二月二十五日，绿营总兵马得功举兵反正，趁夜袭击李率泰八旗骑兵，斩杀八旗兵一千五百人，生擒汉奸李率泰。至此，整个东南地区除了杭州外，再无满清的军队！