1820年，萨木萨克死后不久，张格尔就加紧了作乱的步伐。在浩罕汗国玛达里的暗中汗支持下，张格尔聚集了数百人袭击了清朝卡伦(边防站)。当时，喀什噶尔边境山区的柯尔克孜首领苏兰奇因受到张格尔的压迫，向喀什噶尔参赞大臣报告了这一敌情。参赞大臣斌静听了之后却并不放在心上。到清军卡伦守军再次向他报警后，这才感到事态严重，急忙派人火速飞报伊犁将军。
此时，张格尔已率领数百人顺利进抵图休克塔什卡伦，距喀什噶尔西北不过百余里，在山区村落烧杀虏掠，清军副护军参领音德布已英勇战死。
伊犁将军庆祥闻报后，日夜兼程亲自奔赴喀什噶尔。同时，喀什噶尔帮办大臣色普征额也率兵火速开赴边境御敌，与张格尔匪帮遭遇后，迅即获胜。张格尔仅率20余骑逃回浩罕。
第一次入卡的失败，并未使张格尔认输。他继续在边境地带活动，打出“霍加后裔”的旗帜招揽了一些亡命之徒，积蓄粮草和弹药，并不时对清军卡伦做些小规模的骚扰。
1822年9月，张格尔伙同其弟巴布顶，集结200多人，自边界阿赖岭入境，进入我方乌鲁克卡伦抢劫，伤清军官兵30余人，侍卫花三布阵亡。面对危局，清军游击刘发恒率卡伦守军奋力拒敌，张格尔与巴布顶抵挡不住，又退往边境山区。
在山区观望期间，张格尔突发奇想，派人到喀什噶尔参赞大臣处商谈，要求清朝将喀什噶尔罕爱里克回庄划为其世袭领地，他便不再闹事。喀什噶尔参赞大臣永芹早已探得浩罕汗国将派兵数千协助张格尔夺取喀什噶尔，张格尔此举不过妄图以诈降争取时间。
为务求全歼张格尔匪帮永绝边患，接到边报后，道光一方面要求庆祥严辞回绝张格尔的无理要求，同时命喀什噶尔参赞大臣永芹尽速进剿。
1822年10月3日，永芹领兵300，开赴边境木吉一带剿敌。不料张格尔已闻风先遁，窜出边卡之外；他见浩汗国答应派出的援兵迟迟不来，也就只好继续招兵买马，在喀拉提锦山区一带，准备更大规模的军事入侵。
为防止张格尔再度入卡为乱，清廷开始在喀什噶尔加强边备。1822年11月，喀什噶尔参赞大臣永芹病故于任上，来年元月，清廷派伊犁将军庆祥出任喀什噶尔参赞大臣；至3月间，又调乌鲁木齐绿营兵500、战马500匹赴喀什噶尔充实防务。
1823年7月18日的一个深夜，张格尔又领着党徒200余人和浩罕汗国革职军官艾沙所带的60余名安集延士兵，第三次入卡作乱。他们自开齐山入境，以最快的速度绕过清军卡伦，占领了喀什噶尔以北40余公里的阿图什。
在喀拉汗王朝索图克；布格拉汗的陵旁，张格尔向民众宣布，他此行的目的只是要到喀什噶尔阿帕克霍加麻扎去，以祭拜先祖在天之灵。消息一传开，有不少白山派信徒信以为真，先后赶到阿图什参拜张格尔。
与此同时，喀什噶尔参赞大臣庆祥也己闻报，火速命令帮办大臣舒尔哈善与领队大臣乌凌阿等，率兵直奔阿图什围剿。张格尔忙带着由引诱哄骗而扩充为千余人的部队迎战。这些未经训练的叛军一战即溃。张格尔马上掉头就跑，先往东退往伽师，再向西悄悄迂回到喀什噶尔城东5公里处，占领了阿帕克霍加陵园。
庆样闻讯，又派千余清兵前往包围了阿帕克霍加陵园。此时张格尔已派人混入喀什噶尔城内，串通内应发动了变乱，叛匪冲出东门，在清军外围又形成一道包围圈。清军受内外夹击，处于明显劣势。在一个雷雨交加的夜里，张格尔顺利突围。
短短的几天，张格尔疯狂地煽动宗教情绪与民族仇视，不断招兵买马加强攻势。喀什噶尔附近清军防线已无力再维持，舒尔哈善、乌凌阿等将领，甚至原先的代理喀什噶尔参赞大臣穆克登布等，都先后英勇牺牲。清军残部由庆祥带领退守喀什噶尔汉城。此后，英吉沙尔、叶尔羌、和阗等地清军，也相继被张格尔叛军包围。这时由于闻知张格尔已得手，浩罕汗国也应邀派出3900名侵略军赶来，企图与张格尔平分秋色。两股强盗合兵的结果，把塔里木盆地西南缘一带陷入了一片硝烟战火之中。
18世纪以来，英帝国主义就开始把势力的触角伸向我国西藏、新疆地区，并积极物色和培植代理人。张格尔早年在喀布尔求学时；就与英国间谍有过往来。这次张格尔入卡时，就有20余名英国特工尾随而来，不仅为他充当政治与军事顾问，而且负责为他输送大批欧式军械。在制定侵略计划与训练叛军方面，这些英国间谍是不遗余力的。据西方史料披露，这伙间谍中，曾有5人身着当地百姓服装，每天寸步不离地跟着张格尔。正是由于浩罕统治集团与英帝国主义给张格尔撑腰打气，为虎作伥，才使得张格尔的叛乱能在短时间内得以迅速蔓延。
1823年7月22日，张格尔见清军己退入汉城固守，便亲自率兵先攻打回城。守在城中的是喀什噶尔维吾尔阿奇木伯克买买萨依提与原喀什噶尔阿奇木伯克郡王玉努斯。他们两人调集数千维吾尔居民和士兵，与敌军展开殊死搏斗，浴血奋战整整4天4夜，城门被敌人炸开，两人同时为国殉难，上千维吾尔军民战死在敌人屠刀之下。
战死的维吾尔勇士在喀什噶尔的历史上，留下了他们不屈的身影与血染的风采。
张格尔攻陷回城之后，为保存实力，把攻打汉城的任务推给了急于争功的浩罕侵略军，并答应事成之后，可以割让喀什噶尔为礼物，而且还能平分其他各城所获的赃物。浩罕军首领喜不自胜，而且也急于得到当年波罗尼都埋在“古勒巴格”(即当时的汉城)的所谓地下宝藏，同时又轻易相信了清军不堪一击的胡话，于是将麾下3000兵将齐策于汉城之下。
当浩罕军队抢先发动攻势后，守在城中的庆样将军率清兵与内地各省籍商民共千余人，冲出城外与敌军接仗，一战杀死敌军800余人，其余受伤者不计其数。浩罕军惨败而退。
这时，张格尔才亲自出马，先用水攻不成，再用地道战术，经数十天鏖战，于9月26日终于攻进了汉城。喀什噶尔参赞大臣庆祥将军誓死不降，拔刀自刎以身报国。
翌日，张格尔率大军入城，宣布自己是“赛义德；张格尔；苏丹”(即“圣人后裔张格尔国王”)。不久，喀什噶尔以南的所有地方，全部落入张格尔之手。
多年来蒙受清朝地方贪官和维吾尔伯克欺凌压榨的喀什噶尔穷苦百姓，特别是其中的原白山派信徒，在张格尔起事初期，曾对这个所谓的“霍加后裔”抱有一些幻想，在单纯的宗教感情支配之下上当受骗。
但张格尔一旦大权在握，就开始纵容浩罕侵略军和自己的亲信们，对当地人大肆抢掠。正如清朝史料记载的那样；“淫虐妇女，搜索财物，其暴虐甚于从前和卓(按：即“霍加”)千倍万倍。”而且，凡与清军作战，张格尔就用浩罕军督战，让贫苦百姓上前受死，自己则坐享渔翁之利。如此一来张格尔开始失掉自己在当地人心中的正面形象，加上不断的战乱使当地人更加贫困，当地百姓不再如叛乱开始时一般，支持张格尔的叛军。
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